Mục tiêu của Machinarium là giải một loạt câu đố rắc rối. Các câu đố được liên kết với nhau bởi một câu chuyện phiêu lưu "point-and-click". Điều căn bản của trò chơi là chỉ những vật thể trong tầm với của nhân vật mới có thể được nhấp vào.

Machinarium đáng chú ý ở chỗ nó không chứa đoạn hội thoại, nói hoặc viết và ngoài một vài lời nhắc hướng dẫn trên màn hình đầu tiên, hoàn toàn không có ngôn ngữ dễ hiểu. Thay vào đó, trò chơi sử dụng một hệ thống bong bóng suy nghĩ bằng hình ảnh.

Trò chơi sử dụng một hệ thống gợi ý hai lớp. Một lần mỗi cấp độ, người chơi có thể nhận được một gợi ý, điều này ngày càng trở nên mơ hồ khi trò chơi tiến triển. Machinarium cũng đi kèm với một hướng dẫn, có thể được truy cập bất cứ lúc nào bằng cách chơi một minigame. Như với cuộc đối thoại, hướng dẫn không phải ở dạng viết hoặc nói, mà thay vào đó là một loạt các bản phác thảo mô tả câu đố và lời giải của nó. Tuy nhiên, hướng dẫn chỉ tiết lộ những gì thực hiện được trong khu vực đó, và không phải câu đố đó liên quan đến phần chơi của trò chơi như thế nào.